奇异博士被困在一个每秒切换一次宇宙的崩溃碎片中，必须找到“原初宇宙”坐标。
在击败旺达之后，多元宇宙并未恢复稳定，反而开始加速碎片化。奇异博士被卷入一个“宇宙旋涡”，每几秒钟就跳转到另一个宇宙：有的是众神陨落的死寂宇宙，有的是所有英雄性别互换的宇宙，甚至有一个宇宙是动画片风格。他发现这一切的源头是一个“原初观测者”——一个在第一次多元宇宙战争中被遗忘的古老法师。他在寻求所有宇宙的“一致性”，想要删除所有“异常宇宙”。奇异博士必须在不断跳转中收集七枚不同宇宙的阿戈摩托之眼碎片，最后在一个“只有丧尸奇异幸存”的宇宙里，利用丧尸版自己的不死之身承受住了融合冲击，重新校准了多元宇宙的坐标。最终他没有消除异常宇宙，而是让它们“有序共存”。
视觉创意彻底放飞，每秒跳转的剪辑难度极高但处理得行云流水。丧尸奇异客串是最大泪点。主题从“控制混乱”升华为“接受混乱”，比第一部的英雄成长更深一层。
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